Осенью 1998 г. первый замминистра финансов Владимир Петров был арестован по подозрению в получении взятки от зампреда правления банка «Эскадо» Александра Франгопулова, сообщил "Интерфакс". В уголовном деле шла речь о событиях 1995 г., когда Петров якобы помог «Эскадо» удержаться на плаву во время банковского кризиса, поспособствовав переводу в этот банк 160 млрд неденоминированных рублей на федеральные программы. Петров провел под следствием три года. В 2001 г. Генпрокуратура закрыла дело - не стала в очередной раз продлевать срок следствия. Экспертиза показала, что подпись Петрова на заявлении об открытии счета в андоррском банке, куда якобы перечислили взятку, была кем-то подделана. После этого бывший тогда премьер-министром Михаил Касьянов восстановил Петрова в должности

В октябре 2001 г. обвинение в превышении должностных полномочий было предъявлено Николаю Аксененко, министру путей сообщения в 1997-2002 гг., первому вице-премьеру в 1999-2000 гг. В октябре 2003 г. уголовное дело было передано в суд – Аксененко обвинялся в превышении должностных полномочий и присвоении или растрате 70 млн руб. Осенью 2003 г. с Аксененко взяли подписку о невыезде, отпустив на лечение за границу. Через два года Аксененко скончался в Германии от лейкоза. Мосгорсуд, не начиная процесс, вернул дело в Генпрокуратуру

В 2001 г. Мосгорсуд приговорил Валентина Ковалева, возглавлявшего Минюст в 1995-1997 гг., к 9 годам лишения свободы условно с испытательным сроком 5 лет. Занимая пост министра юстиции, Ковалев неоднократно получал в крупных размерах взятки как деньгами, так и квартирами и земельными участками, установило следствие. Кроме того, из созданного Ковалёвым в 1994 г. «Фонда общественной защиты гражданских прав» было похищено более 1 млрд неденоминированных рублей, из которых более 740 млн были перечислены на его личные счета. По решению суда у Ковалева конфисковали земельный участок в Подмосковье и квартиру в Москве, а $40 000, полученные в качестве взятки, были обращены в доход государства

В 2002 г. Генпрокуратура закончила расследование в отношении бывшего замминистра внешнеэкономических связей Андрея Догаева, длившееся с 1995 г. Догаеву были предъявлены обвинения в неоднократном получении взяток, злоупотреблении служебным положением и контрабанде металлов. В ходе расследования было установлено, что Догаев и его подельники организовали незаконный вывоз за пределы России цветных металлов и рыбной продукции на сумму около $12 млн, используя при этом подложные документы и получая за это взятки. Суд признал Догаева виновным в трех эпизодах злоупотребления служебным положением (по ним он был приговорен к трем годам лишения свободы, но сразу же амнистирован) и в двух эпизодах пособничества контрабанде (приговорен к двум годам лишения свободы и в этой части освобожден от наказания за истечением срока давности)

В 2005 г. бывший министр по атомной энергии Евгений Адамов (эту должность он занимал в 1998-2001 гг.) был арестован в Швейцарии по запросу США, которые обвиняли его в хищении $9 млн международной помощи для России и требовали экстрадиции экс-министра. Россия также требовала его экстрадиции, в декабре 2005 г. он был доставлен в Москву и помещен в сизо «Матросская тишина». Через два года Замоскворецкий суд Москвы приговорил Адамова к 5,5 г. заключения в колонии общего режима, признав его виновным в мошенничестве и злоупотреблении должностными полномочиями. В апреле 2008 г. стало известно, что суд смягчил приговор, назначив условное лишение свободы

В марте 2011 г. замминистра финансов Сергей Сторчак, 11 месяцев отсидевший в сизо, вернулся к активной работе в Минфине по международному сотрудничеству. Сторчак был арестован 15 ноября 2007 г. Вместе с гендиректором «Содэксима» Виктором Захаровым и президентом Межрегионального инвестиционного банка Вадимом Волковым (бывший замминистра финансов) он обвинялся в покушении на хищение $43,4 млн из бюджета. Дело было связано с урегулированием долга Алжира перед СССР с участием «Содэксима». Отсидев в тюрьме 11 месяцев, Сторчак 21 октября 2008 г. был отпущен под подписку о невыезде. В конце января 2011 г. уголовное дело в отношении Сторчака было прекращено. События преступления не было, решил Следственный комитет России

В 2013 г. по делу "Росагролизинга" был задержан заместитель бывшего министра сельского хозяйства Елены Скрынник (2009-2012 гг.) Алексей Бажанов. Позднее он скрылся за границей. Швейцарские власти наложили арест на счета Бажанова в размере 6 млн франков, также было объявлено о блокировании счетов Скрынник на 50 млн франков. В декабре 2015 г. следственные органы вынесли решение о приостановлении дела о хищении более 1 млрд рублей «Росагролизинга» «в связи с неустановлением лица, подлежащего привлечению в качестве обвиняемого»

В декабре 2013 г. военные следователи СКР предъявили бывшему министру обороны Анатолию Сердюкову обвинение в халатности, повлекшей причинение ущерба на сумму более 56 млн рублей. Сердюков возглавлял министерство в 2007-2012 гг. По версии следствия, экс-министр в устной форме поручил подчиненным сотрудникам построить за счет бюджета министерства автомобильную дорогу от села Краса в Астраханской области до острова Школьный, на котором располагается некоммерческое партнерство «Житное», а также провести работы по обустройству его территории. Сердюков вину не признал и отказался от дачи показаний. В феврале 2014 г. следствие в отношении экс-министра было прекращено - он попал под амнистию к 20-летию Конституции. В июне 2014 г. уголовное дело, по которому Сердюков проходил в одном из эпизодов, было закрыто

Замминистра культуры России Григорий Пирумов 10 ноября признал вину по делу о хищении бюджетных средств, выделенных на реставрацию объектов культурного наследия, сообщил представитель следствия. Об этом следователь заявил на заседании Мосгорсуда в четверг при рассмотрении жалобы на продление ареста Пирумова. Прокурор просила оставить Пирумова под стражей. В начале заседания она просила приобщить к материалам дела дополнительный допрос. Со своей стороны защита Пирумова настаивает, что он не признает вину в хищении при реставрации объектов культурного наследия. По словам адвоката Пирумова, он намерен продолжить давать исчерпывающие показания, но не признает себя виновным. В марте 2016 года Лефортовский суд Москвы арестовал замминистра культуры России Григория Пирумова

Министр экономического развития Алексей Улюкаев стал первым в истории России действующим федеральным министром - фигурантом уголовного дела, сообщил «Интерфакс». Улюкаеву предъявлено обвинение в получении взятки с вымогательством размером $2 млн, заявление на него подала «Роснефть». По версии следствия, Улюкаев потребовал от представителя «Роснефти» взятку за положительное заключение и оценку сделки по приобретению «Роснефтью» госпакета «Башнефти». Басманный cуд постановил отправить Улюкаева на время следствия под домашний арест