Вторая мировая война, во время авианалета на Токио мать двенадцатилетнего Махито гибнет в пожаре. Спустя некоторое время мальчик вместе с отцом переезжает в сельскую местность, в дом новой жены отца, очень похожей на покойную мать. Чуть позже и как бы между делом сообщается, что это ее родная сестра. Махито корит себя за то, что не смог спасти маму, и в тревожных снах она взывает к нему, охваченная пламенем, как Феникс. Воплощение неспокойной совести мальчика режиссер находит в странной цапле с зубами, которая начинает преследовать героя, дразнить его и предлагать отвести к матери.
Однажды молодая мачеха-тетя уходит в лесную чащу и пропадает, и Махито отправляется на ее поиски. Следы ведут в таинственную башню неподалеку, которую, по семейному преданию, построил двоюродный дед мальчика, перед тем как исчезнуть где-то в ее глубинах. Проникнув внутрь, герой в сопровождении зубастой цапли оказывается в фантастическом мире, населенном еще не рожденными душами, попугаями-людоедами и более юными версиями некоторых уже знакомых ему персонажей.