Елена Яковлева родилась 5 марта 1961 г. в городе Новоград‑Волынский Житомирской области Украинской ССР. Ее отец был военным, а мать работала научным сотрудником. Из‑за профессии отца семья часто переезжала. После окончания школы в 1978 г. Яковлева попыталась поступить в Харьковский институт культуры, но не прошла конкурс: комиссия сочла, что у нее нет «сценической заразительности».

Прежде чем отправиться в Москву, будущая актриса успела поработать библиотекарем в Харьковском госуниверситете, а также картографом и комплектовщицей на заводе электроаппаратуры. В 1980 г. с небольшой суммой она приехала в Москву. Для экзаменов в ГИТИС Яковлева выбрала отрывок из романа Льва Толстого «Воскресение» и басню Ивана Крылова «Ворона и лисица». С первой попытки начинающая актриса поступила на курс Владимира Андреева.

Кинематографический дебют Яковлевой состоялся в 1983 г. в фильме Георгия Юнгвальда‑Хилькевича «Двое под одним зонтом». По окончании ГИТИСа в 1984-м актриса была принята в труппу театра «Современник». Ее первой ролью на этой сцене стала Гитель Моска в спектакле «Двое на качелях» Галины Волчек.

В 1986 г. Яковлева перешла в Театр имени М. Н. Ермоловой по приглашению Валерия Фокина, где участвовала в постановках «Прощай, Иуда» и «Снег недалеко от тюрьмы». Через три года она вернулась в «Современник» – редкий случай, когда Галина Волчек приняла актрису обратно. На сцене этого театра Яковлева сыграла множество ярких ролей, включая Марию Стюарт в «Играем… Шиллера!».

Прорывной в карьере Яковлевой стала роль ленинградской медсестры, ведущей двойную жизнь, Тани Зайцевой в драме Петра Тодоровского «Интердевочка» (1989). Фильм, который посмотрели более 41 млн зрителей, вызвал широкий резонанс. Говоря о съемках постельных сцен, актриса позже вспоминала: «Мне почему-то не хотелось показывать на экране то, что я делаю в жизни. Всех выгнали со съемочной площадки, лом подложили под ножку дивана и трясли его. Я лежала, абсолютно ничего не делая. Петр Ефимович дергал меня за ноги за кадром и все». За эту работу Яковлева получила премию «Ника» (1990), приз Токийского кинофестиваля и была названа лучшей актрисой года по версии журнала «Советский экран».

В 1990‑е Яковлева продолжила сотрудничество с Тодоровским. Она снялась в его фильмах «Анкор, еще анкор!» (1993), за который получила вторую «Нику», и «Какая чудная игра» (1995). В 1994 г. актриса воплотила образ княжны Анны Чечевинской в популярном сериале «Петербургские тайны».

Новый виток популярности пришел к актрисе с сериалом «Каменская» (1999-2011), в котором она сыграла аналитика МУРа – персонажа детективов Александры Марининой. На эту роль пробовались около 40 актрис, в том числе Полина Кутепова, Юлия Рутберг, Елена Дробышева и Мария Аронова. Однако когда Яковлева пришла на кастинг, в ней сразу увидели то, что было нужно: легкую растерянность, силу воли, жесткость и женственность одновременно. Писательница сначала была удивлена трактовкой актрисы, но позже признала, что другой Каменской быть не может. Сериал шел до 2011 г. и выдержал шесть сезонов, став одним из самых успешных детективных проектов на российском ТВ.

В 2004 г. Яковлева исполнила одну из ключевых ролей в драме Валерия Тодоровского «Мой сводный брат Франкенштейн», работа над которой была отмечена призом президентского совета на кинофестивале «Кинотавр» за актерский ансамбль. В 2006 г. в дебюте Карена Оганесяна «Я остаюсь» артистка сыграла Наталью Тырсу – жену главного героя. В мае 2011 г. она покинула «Современник» после 27 лет службы.

В 2013‑м Яковлева исполнила роль пожилой ясновидящей Ванги в биографическом сериале «Вангелия». Для создания образа использовался сложный пластический грим, на который ежедневно уходило около 5-6 часов. В том же году она начала сниматься в сериале «Склифосовский» (за участие в этом проекте она получила премию ТЭФИ в номинации «Лучшая женская роль второго плана»), а в 2016-м появилась в фильме‑катастрофе «Экипаж» в качестве супруги командира Ирины Зинченко. Съемки проходили на реальных авиационных объектах.

В 2017 г. Яковлева сыграла Бабу‑Ягу в фэнтези‑фильме «Последний богатырь», который заработал более 1,7 млрд руб. и оказался самой успешной лентой года в России. В 2022 г. Яковлева исполнила роль Риммы – владелицы кондитерской фабрики (прототип Старухи Шапокляк) – в «Чебурашке», ставшем самой кассовой картиной в истории российского проката. Общие сборы составили 6,74 млрд руб.

Яковлева также известна работой в озвучивании. Она подарила свой голос одному из персонажей анимационного фильма «Звездные собаки: Белка и Стрелка». Кроме того, актриса пробовала себя в качестве телеведущей: с 2000 по 2005 г. вела ток‑шоу «Что хочет женщина» на канале «Россия», а в 2013 г. – программу «Право на встречу».

Елена Яковлева была замужем дважды. Первый брак с актером Сергеем Юлиным, ее сокурсником по ГИТИСу, был заключен еще в студенчестве и продлился всего полгода. В 1990 г. она вышла замуж за коллегу по «Современнику» Валерия Шальных. В 1992 г. у них родился сын Денис.

За свою карьеру Яковлева была удостоена множества наград – она является народной артисткой РФ (2002), лауреатом Государственной премии РФ (2000), обладательницей премий «Ника», «ТЭФИ» и «Золотой орел». Фильмография актрисы насчитывает более 80 работ, а театральные роли вошли в золотой фонд «Современника».

«Я просто в своей работе – спектаклях и фильмах – делаю все довольно честно. Стараюсь не халтурить в спектакле, сколько бы он ни шел – 15 или 20 лет. Это банальные слова для артиста, он должен, обязан это делать. Но с годами, с количеством все равно происходит уставание. Нужно очень сильно трудиться для того, чтобы зрители, которые на тебя сморят, думали, что ты это делаешь как в первый раз в жизни», – говорила накануне 65-летия в интервью блогеру Надежде Стрелец Елена Яковлева.