Поддержка научной, научно-технической и инновационной деятельности, институтов инновационного развития является основополагающей целью в Стратегии научно-технологического развития Российской Федерации, утвержденной Указом Президента РФ от 28.02.2024 № 145. Поддержка во внедрении инноваций возможна не только путем осуществления прямого государственного финансирования, но и путем создания стимулирующих механизмов для их создателей. Для этих целей осуществляется повышение бюджетных расходов, однако в текущей экономической ситуации это является достаточно сложным решением (объем финансирования госпрограмм научно-технологического развития на текущий год в федеральном бюджете составляет больше 1,626 триллиона рублей, из них средства непосредственно на науку – около 43%). Другой вариант, который активно используется в настоящее время – предоставление мер налоговой поддержки лицам, осуществляющим инновационную деятельность, или лицам, приобретающим инновационную продукцию. Причем важно, чтобы обеспечивался благоприятный налоговый климат, представляющий собой совокупность условий, при которых налоговая система воспринимается как справедливая, предсказуемая и стабильная; уровень налоговой нагрузки сбалансирован с качеством услуг; административные процедуры просты, цифровизированы и не создают избыточных издержек; доверие между бизнесом и государством высоко, что стимулирует инвестиции и добросовестное соблюдение законодательства.
По мнению Смирновой Елены Евгеньевны, к.э.н., доцента, советника налоговой службы II ранга, ведущего научного сотрудника Центра научных исследований и стратегического консалтинга Факультета налогов, аудита и бизнес-анализа Финансового университета при Правительстве Российской Федерации, в Налоговом кодексе РФ выделяются налоговые льготы при внедрении инноваций по имущественным налогам (по налогу на имущество организаций и земельному налогу), при этом акцент делается на использование недвижимого имущества или земельных участков при осуществлении инновационной деятельности. По остальным налогам устанавливаются некоторые освобождения и пониженные ставки, которые могут использовать лица, осуществляющие инновационную деятельность: по НДС (налоговые вычеты, освобождения от налогообложения отдельных операций); по налогу на прибыль организаций (инвестиционные налоговые вычеты, освобождения от налогообложения отдельных видов доходов, пониженные или нулевые ставки, специальные повышающие коэффициенты и «амортизационная премия», особый порядок учета расходов на НИОКР); по НДФЛ (профессиональные налоговые вычеты для физических лиц, осуществляющих определенные виды деятельности в части разработки инновационной продукции). Отдельно следует отметить, что в некоторых случаях действие преференций имеет отложенный эффект. Например, не сразу выявляются НИОКР, которые не дали положительного результата, или в дальнейшем при доработке результат становится положительным, что не учитывается в отчетности налогоплательщика.
Отдельно следует обратить внимание на вид деятельности, по которому осуществляется налоговая поддержка: в разных нормативно-правовых актах выделяется инновационная деятельность или технико-внедренческая, деятельность в сфере IT-технологий, НИОКР. Например, Седьмой арбитражный апелляционный суд 28.11.2025 вынес решение по делу № А67-9457/2024 в пользу резидента технико-внедренческой ОЭЗ, правомерно применяющего пониженную ставку по налогу на прибыль организаций, отдельные этапы деятельности которого осуществлялись за пределами ОЭЗ, что изначально было заложено в бизнес-плане в связи с объективными предпосылками осуществления деятельности. Подход суда был основан на приоритете сущностной стороны технико-внедренческого процесса над формальными критериями, к которым в том числе относятся география и юридическая квалификация отдельных технологических операций участников территориальных преференциальных режимов.
По мнению Смирновой Е.Е., обязательным условием для подтверждения налогоплательщиками правомерности примененных мер поддержки инновационной деятельности является выполнение ими требований, установленных налоговыми органами: предоставлять налоговую и бухгалтерскую отчетность для анализа; проводить самостоятельную оценку и подтверждение показателей выручки и соответствия деятельности по ОКВЭД.