Одним из основных бюджетообразующих налогов для субъектов Российской Федерации является налог на имущество организаций, он является региональным налогом и уплачивается только теми налогоплательщиками, которые имеют на балансе объекты недвижимого имущества. Поэтому для территориальных налоговых органов важно проверять корректность и полноту определения налоговой базы, а также правильность применения налоговой ставки, т.к. этот налог учитывается для целей налогообложения прибыли в составе прочих расходов, влияя на итоговую величину.

По мнению Смирновой Елены Евгеньевны, к.э.н., доцента, советника налоговой службы II ранга, доцента кафедры налогов и налогового администрирования, ведущего научного сотрудника Центра научных исследований и стратегического консалтинга Факультета налогов, аудита и бизнес-анализа Финансового университета при Правительстве Российской Федерации, необоснованную налоговую выгоду по НИО следует рассматривать, как минимум, как весь объем налоговых льгот, что послужило фактором для снижения уплаченного налога, однако только после доказывания необоснованной налоговой выгоды. Общую величину можно оценить, если сложить все выявленные по налоговым спорам суммы недоимки по НИО и суммы, скорректированные добровольно налогоплательщиками по данным уточненных налоговых деклараций по НИО (в части объектов, если для исчисления используется показатель среднегодовой стоимости).

Налоговые органы активно работают по следующим направлениям:

- выявление незадекларированных объектов имущества (незарегистрированных объектов недвижимости и включение в региональные перечни),

- определение объектов, неправомерно облагаемых не по кадастровой, а среднегодовой стоимости,

- исключение неправомерно применяемых налоговых льгот, пониженных налоговых ставок,

- выявление некорректно определенной налоговой базы, в т.ч. при нарушении порядка начисления амортизации, неправомерного применения повышающих коэффициентов, искусственного разделения на отдельные объекты, относящиеся к движимому имуществу. Ярким примером послужит ситуация, когда на основу здания устанавливается оборудование для производства, которое можно эксплуатировать только в составе целого комплекса. При налоговой проверке инспектор проверяет все признаки имущества и иные обстоятельств: имеется ли запись о недвижимости в ЕГРН; проверяет природные характеристики (есть ли контакт с землей); есть ли возможность передвижения объекта без нанесения вреда состоянию.

Следует отметить, что в отношении основных средств, по которым применялся инвестиционный вычет по налогу на прибыль организаций в соответствии со ст. 286.1 НК РФ (или федеральный вычет в соответствии со ст. 286.2 НК РФ), не изменяется порядок определения остаточной стоимости - нормы, предусмотренные главой 25 "Налог на прибыль организаций" НК РФ, при исчислении налога на имущество организаций не применяются. При определении налоговой базы исходя из среднегодовой стоимости имущества учитывается остаточная стоимость основных средств, сформированная в соответствии с установленным порядком ведения бухгалтерского учета, утвержденным в учетной политике организации

По мнению, Смирновой Е.Е., самые важные вопросы при определении налоговой выгоды по НИО возникают при проверке правильности применения пониженных налоговых ставок и налоговых льгот (в т.ч. по региональному законодательству), а также при некорректном определении налоговой базы, т.к. налогоплательщики затрудняются в классификации объектов основных средств и отнесения их к объектам недвижимого имущества.